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Ciencia y Tecnología
Brasil | 16-06-2021

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Desarrollan un proyecto para crear un sistema de monitoreo a la circulación de variantes del SARS-COV-2 en la ciudad de San Pablo   
La iniciativa se está implementando a través de un convenio entre la prefectura local, la red Dasa y la FAPESP
Agencia FAPESP ( Brasil )
Karina Toledo. Traducción Programa INFOSALUD
Desarrollan un proyecto para crear un sistema de monitoreo a la circulación de variantes del SARS-COV-2 en la ciudad de San Pablo Un sistema para monitorear la circulación de variantes del nuevo coronavirus en la ciudad de San Pablo está siendo implementada por medio de un convenio entre la prefectura local, la red de laboratorios Dasa y la FAPESP.

El objetivo es analizar semanalmente 384 muestras de secreción nasofaríngea recolectadas de residentes de todas las regiones de la capital que cuentan con la asistencia de la red de salud pública y que dieron positivo al SARS-CoV-2. En el Instituto de Medicina Tropical de la Universidad de São Paulo (IMT-USP), el material será sometido a una prueba de RT-PCR capaz de identificar la presencia de cinco cepas virales: Alfa (B.1.1.7, identificada en el Reino Unido), Beta (B.1.351 o sudafricano), Delta (B.1.617, de India), Gama (P.1, de Manaos) y Zeta (P.2, de Río de Janeiro). Si el resultado es negativo para todos, la muestra se secuenciará para que sea posible identificar el linaje presente.

Además, cada mes, el 25% de las muestras que pasaron la prueba de RT-PCR serán seleccionadas al azar para la secuenciación completa del genoma viral, trabajo que será realizado por el equipo de Dasa.

“Ya hemos recibido muestras recogidas a finales de mayo y principios de junio y hemos comenzado el análisis. También tenemos la intención de estudiar retrospectivamente el material recopilado desde enero de este año. Uno de los objetivos es tratar de averiguar cuándo y dónde ingresó la variante P.1 a la capital y cómo se propagó. Y también si la cepa india ya está circulando en la ciudad ”, dice la profesora de la USP Ester Sabino, quien coordina la iniciativa junto a Carlos Fortaleza, de la Universidad Estadual de São Paulo (Unesp) en Botucatu.

Las muestras para análisis serán seleccionadas proporcionalmente a la población de cada región de la ciudad (norte, sur, este, oeste, centro y sureste), sin sesgo de gravedad. Los equipos de la ciudad también proporcionarán a los investigadores cierta información sobre los pacientes, como el sexo, la edad, el lugar de residencia, si han sido vacunados o no, la fecha de recolección de las secreciones nasofaríngeas y la aparición de los síntomas.

“Como estamos trabajando con datos de muestra, es necesario que sean representativos de la población y que estén bien distribuidos en el tiempo y el espacio. En otras palabras, los datos deben ser un modelo de lo que está sucediendo en la ciudad. La idea es que podamos mirar esta miniatura perfecta y averiguar cómo se están distribuyendo las variantes en ese momento”, explica Fortaleza, responsable del diseño del proyecto.

Utilizando técnicas estadísticas, basadas en el tamaño de la población de São Paulo y asumiendo un margen de error de hasta el 5%, el grupo calculó que sería necesario analizar 384 muestras por semana para poder mapear la circulación de variantes para de la que no se sabe, a priori, la proporción en la que están presentes.

Según Fortaleza, el objetivo del proyecto es implementar un sistema de vigilancia genómica sensible (que no permita que ninguna variante en circulación pase desapercibida), representativo (capaz de mostrar la proporción de variantes de manera similar a la distribución real), oportuno (capaz de producir datos a tiempo para la adopción de medidas de control) y flexible (adaptable a todas las situaciones) para apoyar las acciones de combate a la enfermedad.

Luiz Eugênio Mello, director científico de la FAPESP, dice que la iniciativa vino de la ciudad de São Paulo y fue “catalizada” por la FAPESP. “Buscamos transformar lo que debería ser un trabajo rutinario de la alcaldía en un trabajo dentro de las líneas apoyadas por la Fundación. Hay un elemento inductor importante en este proyecto y con él pretendemos sugerir nuevos diseños organizacionales, en los que la academia, el gobierno y el sector privado interactúen de manera rápida y efectiva ”, dice.

Beneficios
Como destaca José Eduardo Levi, investigador del IMT-USP y la red de laboratorios Dasa, la vigilancia genómica representa uno de los tres pilares principales para combatir el COVID-19, siendo los otros dos las medidas de vacunación y prueba y el aislamiento social.

“El virus está evolucionando justo frente a nosotros y, con esta estrategia, podremos identificar variantes tempranas que podrían generar una nueva ola e intervenir lo más rápido posible”, dice.

A partir de la secuencia genómica, explica Levi, es posible inferir si una cepa recién detectada puede considerarse una "variante de preocupación" (VOC). “Si un grupo de muestras que sugieran preocupación se ubica en un vecindario, será posible, por ejemplo, distribuir máscaras y reforzar las medidas de aislamiento y vacunación de manera específica. Otro ejemplo: si comenzamos a observar casos severos en individuos vacunados en una región, podremos cambiar el tipo de agente inmunizante en el lugar”, sugiere.

Según Sabino, los análisis realizados en el ámbito del proyecto ayudarán a comprender la dinámica de la propagación de nuevas variantes en São Paulo y esto podría conducir a la identificación de polos de difusión del virus que podrían ser objetivos de intervenciones. por las autoridades públicas.

“El hecho de que la FAPESP se esté poniendo a disposición de las políticas públicas, algo que ya estaba sucediendo a través de programas como el PPSUS [Programa de Investigación del Sistema Único de Salud], representa algo muy importante: la ciencia en beneficio de la vida. Esta combinación de conocimientos -biología epidemiológica, virológica y molecular- junto al trabajo práctico de los técnicos de la prefectura permite construir puentes y, a partir de ellos, pueden surgir cosas mucho más importantes para la salud pública”, evaluó Fortaleza.